Nueva variante del SARS-CoV-2 de origen probablemente camerunés

Las variantes del SARS-CoV-2 se han convertido en un importante problema virológico, epidemiológico y clínico, en particular con respecto al riesgo de escapar de la inmunidad inducida por la vacuna.

Un estudio reciene revela una nueva variante. Para doce pacientes con SARS-CoV-positivo que vivían en la misma área geográfica del sureste de Francia, las pruebas de qPCR que detectan mutaciones asociadas a variantes mostraron una combinación atípica.

El caso índice regresó de un viaje en Camerún. Los genomas se obtuvieron mediante secuenciación de próxima generación con Oxford Nanopore Technologies en instrumentos GridION en aproximadamente 8 h.

Su análisis reveló 46 mutaciones y 37 deleciones (tipo de mutación con pérdida de ADN) que dieron como resultado 30 sustituciones de aminoácidos y 12 deleciones. Catorce sustituciones de aminoácidos, incluidos N501Y y E484K, y 9 deleciones se encuentran en la proteína de pico.

El informe de Merxiv informa que este patrón de genotipo llevó a crear un nuevo linaje de pangolines llamado B.1.640.2, que es un grupo hermano filogenético del antiguo linaje B.1.640 renombrado como B.1.640.1. Ambos linajes difieren en 25 sustituciones de nucleótidos y 33 deleciones. El conjunto de mutaciones y la posición filogenética de los genomas obtenidos aquí indican en base a nuestra definición anterior una nueva variante que llamamos “IHU”. Estos datos son otro ejemplo de la imprevisibilidad de la aparición de variantes del SARS-CoV-2 y de su introducción en un área geográfica determinada desde el extranjero.